Os eventos de Empyre, um crossover dos Vingadores e do Quarteto Fantástico estão tendo ramificações pelo Universo Marvel, e até mesmo os X-Men foram afetados. Nas páginas da edição Empyre: X-Men, a minissérie mostra como Krakoa está se defendendo da invasão dos alienígenas vegetais conhecidos como Cotati. Mas as coisas acabam ficando muito mais complicadas quando os mutantes se veem obrigados a travar uma guerra em duas frentes: plantas de um lado, zumbis no outro. Agora um dos Grandes Capitães dos X-Men foi comprometido, e isso provavelmente significa que as coisas só vão piorar para Krakoa. A seguir, Spoilers de Empyre: X-Men #3 por Ed Brisson, Vita Ayala, Zeb Wells, Andrea Broccardo, e Nolan Woodward.
Os problemas dos X-Men começaram quando a Feiticeira Escarlate decidiu expiar os pecados que cometeu na Dinastia M, quando ela profereiu as palavras “chega de mutantes” e quase exterminou os mutantes completamente. Ela viajou para Genosha, a ilha que outrora foi casa de uma nação mutante, antes de ser destruída pelos sentinelas. A Feiticeira Escarlate então tentou ressuscitar os mutantes mortos que ainda jaziam enterrados na ilha. As coisas não correram como planejado, e ela acabou criando uma nação de mutantes zumbis.
Acontece que Genosha também foi onde os Cotati desembarcam uma das suas forças de invasão. Agora os X-Men e os vilões-botânicos que se intitulam de Hordeculture estão presos numa guerra de Plantas vs Zumbis (pescou a referência).
Em Empyre: X-Men # 3, Magia decide que está cansada de só resistir aos ataques das hordas e decide ir até a raiz do problema. Ela se teleporta para Genosha em busca da base Cotati. Em vez disso o que ela encontra são os artefatos místicos que a Feiticeira Escarlate deixou para trás depois de seu ritual fracassado. Esses objetos atraem Magia. Ela então pega o bastão feito a partir da raiz da Árvore do Mundo. Ela então se transforma em seu alter ego demoníaco, Darkchylde, e declara-se a Rainha Zumbi da Nova Genosha.